در این بخش قصد دارم بخشهایی از زندگی علمی و طلبگی حضرت آیت الله العظمی سید علی خامنه ای در شهرهای مشهد و قم، از سال 1330 تا پیروزی انقلاب اسلامی است را برا شما بیان کنم:

1334: شانزده سالگی سید علی، آغاز حضور وی در دروس خارج فقه آیت الله العظمی سید محمد هادی میلانی بود. هم‌زمان، در جلسات مرحوم حاج میرزا جواد تهرانی حاضر می‌شد که مباحث آن بیشتر به نقد و رد کتاب فلسفه‌ی منظومه حاج ملاهادی سبزواری می گذشت. اما به دلیل علاقه آیت الله خامنه‌ای به فلسفه و جو ضد فلسفه آن روزهای مشهد، ناگزیر بوددر درس مرحوم آقا شیخ رضا ایسی از اساتید فلسفه و دوستان مورد وثوق حضرت آیت الله میلانی به صورت پنهانی و خصوصی شرکت کند.

1336: هجدهمین سال زندگی رهبر امروز انقلاب اسلامی ایران، مقرن بود با عزم وی برای حضور در نجف اشرف به قصد زیارت حرم امیرالمومنین و درک کردن دروس بزرگان نجف.
سید علی پس از حضور کوتاه در این حوزه، درس اساتیدی چون آیت الله العظمی سید محسن حکیم را بیشتر پسندید و تصمیم داشت در صورت اجازه پدر برای ماندن، در جلسه درس آن اساتید شرکت کند. او به پدرش نامه نوشت و اجازه خواست تا برای ادامه تحصیل در نجف بماندکه پاسخ منفی شنید و به امر پدر به مشهد بازگشت. پس از بازگشت به مشهد و ادامه ارتباط با طلابی که از قم برای زیارت به مشهد می‌آمدند و فضا و مرکزیت علمی قم، برای رفتن به حوزه قم مصمم شد ولی پدر که راهنما و مشاور اصلی او بود، با ترک مشهد موافقت نکرد و این مخالفت ادامه داشت تا یک سال بعد …

1337: با شروع سال تحصیلی جدید حوزه آیت الله سید جواد خامنه ای به مهاجرت پسرش به قم رضایت داد. سید علی به قم سفر کرد و در مدرسه علمیه حجتیه که برادر بزرگترش سید محمد هم در آن جا طلبه بود، مستقر شد.

بانی ساخت این مدرسه علمیه که از مدارس دیگر قم آن زمان تازه سازتر بود آیت الله حجت و طراح آن، علامه سید محمد حسین طباطبایی بود.
طلبه کم سن و سال آن روزها که بین هم مباحثه‌هایش به کثرت مطالعه و اشتغال درسی شهره بود، از بدو ورود به قم، در درس خارج فقه حضرت آیت الله العظمی بروجردی حاضر شد. یکی از برکات حضور در این درس نکات مهم رجالی بود که استاد در آن متبحر بود. تقریرات درس خارج فقه و اصول امام (ره) و آیت الله بروجردی نزد آیت الله خامنه‌ای باقی است؛ هر چند بسیاری از آن‌ها در دوران مبارزه توسط ساواک از بین رفت.

1340: پس از رحلت حضرت آیت الله بروجردی، و اعلام مرجعیت حضرت امام خمینی (ره) پایه‌های انقلاب اسلامی و زمینه‌های شکل‌گیری مبارزات با سخنرانی‌های امام راحل در قم پی‌ریزی شد و شاگردان ایشان نیز هر یک در سنگری، به تبلیغ و روشنگری و مبارزه می‌پرداختند و به دنبال تحکیم و تثبیت مرجعیت امام بودند.

1342: پس از حادثه مدرسه فیضیه و با اوج‌گیری مبارزات علیه رژیم ستم شاهی، امام خمینی (ره) دستگیر و تبعید شدند. پس از تبعید امام، مبارزات در قم به وسیله‌ی شاگردان ایشان ادامه یافت. روش مبارزاتی امام سبب شده بود تا سید علی که تحت تاثیر شخصیت انقلابی شهید نواب صفوی بود به انجام وظیفه روشنگری در مبازرات بپردازد؛ که در این راه دوبار از سوی ساواک دستگیر شد. در همین سال امام خمینی (ره) او را به عنوان نماینده خود برای ابلاغ پیام به علما درباره مبازره با رژیم شاه نزد آیت الله میلانی فرستادند. همه این ها در کنار فضای گرم درس و مباحثه بود.

1343: آیت الله سید جواد خامنه‌ای که در مشهد ساکن بود، بینایی خود را از دست داد! این بدترین خبر برای سید علی بود که می‌خواست در قم بماند؛ ولی با وجود اصرار اساتید خود از جمله آیت الله شیخ مرتضی حائری یزدی فرزند موسس حوزه علمیه قم بر ماندن، قصد عزیمت به مشهد کرد. در مدت تحصیل در قم، به غیر از امام خمینی (ره) و مرحوم بروجردی ، حضرات آیات شیخ مرتضی حائری در فقه و اصول و علامه سید محمد حسین طباطبایی در فلسفه از اساتید دیگر سید علی خامنه‌ای و آقایان شیخ محمدحسین بهجتی شفق، حجت الاسلام محمد جواد حجتی کرمانی، سید جعفر شبیری زنجانی، آیت الله حاج شیخ مهدی باقری کنی و آیت الله ربانی املشی از هم مباحثه‌های نزدیک به او در قم بودند.

1344: پس از بازگشت به مشهد مقدس ، پدر که از اساتید او در سال‌های طلبگی بود، دیگر نابینا شده و از نعمت مطالعه محروم بود. سید علی چشمان پدرش شد! هر روز در زمان مشخص، ساعاتی برایش کتاب می خواند و در مواردی بحث علمی می کردند.

تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، آغاز تدریس تفسیر قرآن کریم و حضور مجدد در درس خارج فقه حضرت آیت الله میلانی علیرغم اختلاف سلیقه در مبارزات سیاسی، بخشی از فعالیت‌های علمی روحانی 26 ساله ساکن خیابان خسروی نوی مشهد بود.

1347-57: آیت الله سید علی خامنه‌ای نگاه مبنایی و جدی به درس تفسیر قرآن داشتند و تفسیر را منشا و مبدا بسیاری از مطالب در علوم و معارف اسلامی می‌دانستند.
مدرسه علمیه میرزا جعفر مشهد شاهد جلسات تفسیر قرآن کریم بود که به سرعت مورد استقبال طلاب قرار گرفت. «تفسیر فعال قرآن» که سید علی خامنه‌ای آن را تدریس می‌کرد،‌ شیوه‌ی جدید و خاصی از تفسیر کلام الله مجید بود که طلاب را روز به روز، ‌به بهره‌گیری از قرآن ترغیب می‌نمود. این جلسات به دلیل استقبال زیاد و مباحث مبارزاتی مطرح شده در کنار تدریس رسائل و مکاسب و کفایه، با ممانعت‌های مکرر رژیم پهلوی مواجه شد. این اتفاق باعث شد تا دروس، از مسجد امام حسن مجتبی (ع) به مسجد کرامت و پس از آن به مساجد رضایی،‌قبله و … منتقل شود.

این جلسات که دیگر به محل حضور دانشجویان نیز تبدیل شده بود به دلیل بازداشت آیت الله خامنه‌ای به دفعات متوقف می‌شد تا این که در سال 56 به دلیل تبعید آیت الله خامنه‌ای به ایرانشهر تعطیل شد. ممنوع الخروج بودن از کشور به دلیل ادامه مبارزات انقلابی در مشهد، ‌دستگیری‌های پی‌در‌پی در پی فعالیت سیاسی،‌ باعث شد تا سید علی حسینی خامنه‌ای نتواند برای ارتباط‌گیری نزدیک با امام خمینی (ره) به نجف اشرف برود. اما ماندن در مشهد و خلاء فکری و ایدئولوژیک که پیش از این برای جریان مبارزه وجود داشت موجب شد تا جلسات مستمر با شهید مرتضی مطهری پیگیری شود و محصول آن «تدوین ایدئولوژی اسلامی» باشد.